Depois de denúncias que algumas prefeituras estavam considerando demitir médicos já contratados para substituir pelos do programa Mais Médicos o ministério da saúde informou que o termo de adesão ao programa proíbe prefeituras de demitir profissionais já contratados. Segundo o Ministério da Saúde, os municípios que descumprirem essa regra serão excluídos do programa
De acordo com o Ministério da Saúde, o controle está sendo feito pelo sistema do Cadastro Nacional dos Estabelecimentos de Saúde (Cnes), que impede que o médico participante do programa seja direcionado a postos que estavam ocupados antes da adesão do município.
Os médicos já cadastrados na atenção básica foram impedidos de se inscrever no programa para atuar no município onde já trabalha, o que impede a migração de profissionais para a bolsa do Mais Médicos em uma mesma cidade.
As prefeituras inscritas são obrigadas a manter o número de médicos na atenção básica, sem ter os profissionais do Mais Médicos. O ministério explica que, enquanto participarem do Mais Médicos, os municípios só poderão desligar médicos da atenção básica em situações excepcionais justificadas à coordenação nacional do Programa Mais Médicos, como, por exemplo, descumprimento comprovado de carga horária e/ou outra falha ética ou profissional do médico.